本種とされるものには複数の種が含まれている可能性が指摘されているとのこと。最近は種名の後に（広義）と記されている図鑑もある。
よく似た種にミドリニガイグチがある。図鑑によると柄の肉が白色のものをアケボノアワタケ。黄色のものをミドリニガイグチとして区別するようだ。なお、基部はどちらの種も橙黄色－黄色である
[２０２０年（令和2年）０８月０７日 安達太良山
あまり目にする機会が少ないことや、ハイアマチュアクラスの人たちが、アケボノアワタケとミドリニガイグチの仕分けはとても難しいと、観察会の台上のきのこを見て議論されていたのが、トラウマになっていて、アケボノアワタケとミドリニガイグチの仕分けに自信がない。ましてや複数種あるらしいとのことなので、ますます自信を失ってしまう。
[２０１６年（平成２８年）０９月２５日 ］ 福島県南
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